Wenn ich das richtig verstehe, tritt der "Fehler" bei beiden CD-Playern auf. Von daher würde ich Defekte an Kabel und Geräten einfach ausschließen und doch auf einen Bedienungsfehler tippen. Also nochmal von vorn: Du musst bei der Soundkarte selbst auf LINE Eingang umstellen
UND in den Options - Vinyl/CD-Eingang auf CD stellen.
Bei den CDJ1000 dann von CD auf Vinyl-Modus umschalten, dann gehts auch besser.

Grüße und viel Erfolg